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Rubicon PicoPLEX 低深度測(cè)序法檢測(cè)單細(xì)胞CNV

更新時(shí)間:2018-05-18瀏覽:3061次

參考文獻(xiàn):

低深度測(cè)序在檢測(cè)單細(xì)胞染色體微小變異中的應(yīng)用探索

陳大洋1 甄賀富2 劉萍2 邱詠2 謝林2 劉弘泰1 陳芳2

(1. 中國(guó)科學(xué)院大學(xué)華大教育中心,深圳 518083 ;2. 深圳華大基因研究院,深圳 518083)生物技術(shù)通報(bào) BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2016, 32(12):58-64

 

生物技術(shù)通報(bào)影響力:雙核心期刊[(2017年中國(guó)科技核心期刊目錄)][中國(guó)科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)源期刊列表(2017—2018 年度)]

 

文章介紹

測(cè)序目的:低深度測(cè)序在檢測(cè)單細(xì)胞 CNV方面的可行性。

單細(xì)胞測(cè)序?qū)ο螅航?jīng)過(guò)比較基因組雜交(array CGH,aCGH)檢測(cè)的5例陽(yáng)性細(xì)胞系

單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增方法:Rubicon Genomics 公司的 PicoPLEX® WGA Kit和另一種商業(yè)試劑盒。

單細(xì)胞測(cè)序深度:數(shù)據(jù)量為 0.1 X

測(cè)序結(jié)果:Rubicon 試劑盒具有較好的均勻性。

分析原因:Rubicon 試劑盒先以原始基因組為模板進(jìn)行復(fù)制,經(jīng)過(guò) 12 次循環(huán)后,再以擴(kuò)增產(chǎn)物為模板進(jìn)行擴(kuò)增可有效降低擴(kuò)增誤差,增加保真性。

 

原文摘要:旨在探討低深度測(cè)序在檢測(cè)單細(xì)胞染色體微小變異中的應(yīng)用。以經(jīng)過(guò)比較基因組雜交(array CGH,aCGH)檢測(cè)的5例陽(yáng)性細(xì)胞系為研究對(duì)象,從中分離的單細(xì)胞分別用兩種單細(xì)胞擴(kuò)增試劑盒進(jìn)行擴(kuò)增,采用Hiseq2000測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行全基因組測(cè)序,然后進(jìn)行生物信息學(xué)分析,將檢測(cè)結(jié)果與已被 aCGH 證實(shí)的結(jié)果進(jìn)行比較。結(jié)果顯示,5 個(gè)單細(xì)胞的全基因組擴(kuò)增成功,通過(guò)低深度測(cè)序均獲得明確的檢測(cè)結(jié)果。在用 GenomePlex® Single Cell WGA Kit 試劑盒的處理中檢出區(qū)域與 aCGH 檢測(cè)區(qū)域均有 80% 以上的重疊,1 個(gè)樣本檢出了 8 Mb(Megabase)左右的假陽(yáng)性 ;在用 PicoPLEX® WGA Kit 試劑盒處理時(shí)檢出信號(hào)與 aCGH 區(qū)域也有 80%以上的重疊且無(wú)假陽(yáng)性信號(hào)產(chǎn)生。證實(shí)在數(shù)據(jù)量為 0.1 X 左右時(shí)可以檢出單細(xì)胞染色體上 7 Mb 以上的拷貝數(shù)變異。

 

PicoPLEX® WGA Kit單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增試劑盒介紹

PicoPLEX WGA Kit被IVF行業(yè)供應(yīng)商如BlueGnome信賴并用于胚胎植入前遺傳學(xué)篩查和診斷(PGS/PGD)。

 

英文名稱:Rubicon PicoPLEX WGA Kit

中文名稱:Rubicon PicoPLEX單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增試劑盒

品牌:Rubicon Genomics

貨號(hào):R30050或RB3050(TAKARA版)

 

用途:卵裂球和滋養(yǎng)外胚層細(xì)胞的植入前基因篩查(PGS)和需要單細(xì)胞擴(kuò)增的循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC)中的CNV檢測(cè)。

 

從單細(xì)胞中擴(kuò)增DNA構(gòu)建高重復(fù)性的文庫(kù)現(xiàn)在成為可能!PicoPLEX WGA kit采用技術(shù),設(shè)計(jì)、優(yōu)化用于從單細(xì)胞中擴(kuò)增單拷貝基因組DNA。便捷的單管操作流程減少了手動(dòng)操作的失誤,縮短了獲得結(jié)果的時(shí)間并降低背景。PicoPLEX WGA Kit同樣也可用于6 pg至50 pg的純化gDNA,并兼容微陣列比較基因組雜交(array CGH)分析及PCR。

 

PicoPLEX技術(shù)概要

PicoPLEX全基因組擴(kuò)增技術(shù)具有高穩(wěn)定性和可再現(xiàn)性,已經(jīng)成為PGS的標(biāo)準(zhǔn)擴(kuò)增技術(shù)。

技術(shù)要點(diǎn):利用隨機(jī)引物引發(fā)線性擴(kuò)增進(jìn)行全基因組擴(kuò)增。即先以原始基因組為模板進(jìn)行復(fù)制,經(jīng)過(guò)多次循環(huán)后,再以擴(kuò)增產(chǎn)物為模板進(jìn)行擴(kuò)增可有效降低擴(kuò)增誤差,增加保真性。

 

 

 

名詞解釋?zhuān)?/span>

拷貝數(shù)變異(copy number variations,CNVs):CNV 是 指 與 參 照 基 因 組 比 較,1

kb-1 Mb 的 DNA 片段的缺失、插入、重復(fù)、倒位和復(fù)雜多位點(diǎn)的變異。

 

華雅旗下紅榮微再主營(yíng)醫(yī)療核酸保存文庫(kù)擴(kuò)增等產(chǎn)品,授權(quán)代理(上海)Rubicon Genomics單細(xì)胞文庫(kù)擴(kuò)增試劑。

 

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