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癌癥臨床檢驗(yàn)高通量基因測(cè)序解決方案

更新時(shí)間:2018-04-20瀏覽:3102次

TruSeq Amplicon - Cancer Panel(TSACP)

 

Illumina公司的泛癌panel通過(guò)高度多重靶向重測(cè)序方法,使用212個(gè)擴(kuò)增子靶向48個(gè)基因檢測(cè)癌癥基因組數(shù)百個(gè)突變熱點(diǎn)中的體細(xì)胞突變。適合臨床快速地發(fā)現(xiàn)、驗(yàn)證和篩選癌癥相關(guān)遺傳變異。

 

 

 

 

TSACP臨床應(yīng)用可行性驗(yàn)證文獻(xiàn)

 

文章驗(yàn)證了TruSeq Amplicon - Cancer Panel(TSACP)應(yīng)用臨床實(shí)驗(yàn)室的可行性

Validation of a Next-Generation–Sequencing Cancer Panel for Use in the Clinical Laboratory

Birgitte B. Simen, et al. doi: 10.5858/arpa.2013-0710-OA

 

文章背景:新一代測(cè)序的發(fā)展方便了小樣本多基因突變的高通量處理和高靈敏檢測(cè)。對(duì)于包括癌癥在內(nèi)的多種疾病,了解病人目標(biāo)基因全面的突變情況有助于護(hù)理、臨床試驗(yàn)以及進(jìn)一步研究。

目的:驗(yàn)證一個(gè)泛癌的高通量檢測(cè)是否適合臨床使用。

設(shè)計(jì):從68份臨床樣本和5份正常對(duì)照中提取DNA。其中64份 用TruSeq Amplicon Cancer Panel(illumina公司)成功處理,運(yùn)行4次完成測(cè)序。數(shù)據(jù)使用4種不同filter設(shè)置分析(測(cè)序深度和突變頻率cutoff)。

結(jié)果 :40個(gè)樣本構(gòu)建的文庫(kù)能在一次運(yùn)行中成功測(cè)序,并且測(cè)序深度足夠進(jìn)行穩(wěn)健的數(shù)據(jù)分析。使用臨床樣本和對(duì)照品的稀釋表明突變檢測(cè)靈敏度低至5%。檢測(cè)具備高重復(fù)性和可重復(fù)性,并且與臨床驗(yàn)證的Sanger測(cè)序結(jié)果100% 一致。使用 AmpliSeq Cancer Hotspot Panel(Thermo公司)做對(duì)比檢測(cè),97% 的突變兩種panel都檢測(cè)到了。

結(jié)論:驗(yàn)證了TruSeq Amplicon Cancer Panel是一種高靈敏度、高通量的泛癌突變panel,作為癌癥相關(guān)42種基因熱點(diǎn)突變的檢測(cè)適合用于臨床檢驗(yàn)的常規(guī)使用。

 

方法和產(chǎn)品

 

DNA提取

血液和骨髓樣本DNA提?。篞IAamp DNA Mini Kit (Qiagen公司)

FFPE樣本:QIAamp DNA FFPE kit (Qiagen公司)

FNA樣本:QIAamp DNA Micro Kit (Qiagen)

 

DNA定量 :Qubit dsDNA BR assay(Thermo)

 

FFPE 和FNA樣本質(zhì)控:FFPE QC Kit(illumina)

 

擴(kuò)增子文庫(kù)制備:TruSeq Amplicon - Cancer Panel (illumina)

 

測(cè)序: MiSeq Reagent Kit(illumina)

 

Sanger測(cè)序等驗(yàn)證產(chǎn)品略

 

訂購(gòu)信息

 

品牌

產(chǎn)品

貨號(hào)

規(guī)格

Qiagen

QIAamp DNA Mini Kit

51304

50次

Qiagen

QIAamp DNA FFPE kit

56404

50次

Qiagen

QIAamp DNA Micro Kit

56304

50次

Thermo

Qubit dsDNA BR assay

Q32850

100次

Illumina

FFPE QC Kit

WG-321-1001

384次

Illumina

TruSeq Amplicon - Cancer Panel

FC-130-1008

96 樣本

Illumina

MiSeq Reagent Kit

MS-102-2002

300

 

自備儀器:Miseq測(cè)序儀、Qubit 熒光定量?jī)x等

 

華雅旗下紅榮微再(上海)生物工程技術(shù)有限公司主營(yíng)醫(yī)療和細(xì)胞治療等產(chǎn)品。

 

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