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ThruPLEX法血漿cell-free DNA測序文庫構(gòu)建

更新時間:2018-03-30瀏覽:2561次

Rubicon公司擁有ThruPLEX®和PicoPLEX®技術(shù)。特殊的引物或接頭設(shè)計,能以微量DNA樣本起始構(gòu)建下一代測序文庫。

 

ThruPLEX用于cfDNA-液體活檢樣品

液體活檢樣品包括

循環(huán)核酸

– Cell-free DNA (cfDNA)

循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)占一小部分

– Cell-free mRNA

– Cell-free miRNAs, long non-coding RNA

循環(huán)腫瘤細胞(CTCs)

– 從實體瘤釋放到血液中的腫瘤細胞

外泌體

– 小的膜衍生囊泡(40–100 nm)包含:

exoDNA;microRNAs, mRNAs;蛋白,脂類。

 

其中游離核酸通常從血漿和血清中分離(也存在于尿液和腦脊液中),受個性化醫(yī)療和液體活檢前景的推動(無創(chuàng),早期檢測,監(jiān)控)。 對cfDNA測序的關(guān)注高于cfRNA。

 

 

Cell-free DNA的特點

降解

包含單體,二聚體,三聚體的核小體DNA fragment

成分和產(chǎn)量高度可變 (病人和疾病相關(guān))

小分子,分子大小~170 bp

 

如何進行cell-free DNA測序?

 

基于擴增技術(shù)的靶向測序

– 用于基因組重點區(qū)域檢測的小型panel

– 如 Thermo AmpliSeq, Illumina TruSight, ArcherDX VariantPlex, etc

 

全基因組測序

– 標準覆蓋度30X至60X

用于SNP, InDel, CNV, SV

價格高,很少研究者用于cfDNA分析

– 低覆蓋度(測序深度淺)0.1到2X

用于CNV

樣本起始量低

 

基于雜交技術(shù)的靶向測序

– 外顯子組50X 至100X, panels 150X 至300X

分析SNP, InDel, CNV, SV

 

全基因組測序基于雜交技術(shù)的靶向測序適用產(chǎn)品

ThruPLEX® DNA-seq Kit

起始量 50 pg-50 ng

ThruPLEX® Plasma-seq Kit

起始量1 ng-30 ng 優(yōu)化用于cell-free DNA

 

超深度靶向測序

– Panels 1,000X 至10,000X;體細胞突變頻率<5% allele frequency

ThruPLEX® Tag-seq Kit

帶有分子標簽 起始量1 ng-50 ng

 

ThruPLEX已被很成熟的用于cell-free DNA研究

文獻一

Kitzman et al. 2012. Noninvasive Whole-Genome Sequencing of a Human Fetus. Science Translational Medicine.

作者:華盛頓大學(xué)Jay Shendure Lab Jacob Kitzman現(xiàn)任密歇根大學(xué)助理教授

• 概念驗證研究,展示了通過無創(chuàng)方法確定胎兒基因組序列。

• ThruPLEX用于從母體血漿樣品中分離的游離DNA構(gòu)建NGS文庫。

文獻二

Murtaza et al. 2013. Non-invasive analysis of acquired resistance to cancer therapy by sequencing

of plasma DNA. Nature.

作者:英國癌癥研究中心(Cancer Research UK)Nitzan Roselfeld Lab Muhammed Murtaza現(xiàn)任Tgen(Translational Genomics Research Institute)和梅奧診所(Mayo Clinic)助理教授

• 通過對病人的游離DNA測序?qū)崿F(xiàn)無創(chuàng)突變檢測

• 采用ThruPLEX利用cfDNA構(gòu)建NGS文庫,對病人循環(huán)腫瘤DNA進行全外顯子組分析

• 展示了在治療前后檢測腫瘤演變的能力

 

Rubicon公司成立于2000年,總部位于美國密歇根州。產(chǎn)品都擁有技術(shù),檢控嚴格,擁有cGMP級生產(chǎn)能力,是單細胞測序文庫構(gòu)建的。2017年1月,Rubicon 成為Takara的一員,并且發(fā)展良好。

 

華雅旗下紅榮微再(上海)生物工程技術(shù)有限公司2018年,與TAKARA繼續(xù)合作,授權(quán)代理(上海)Rubicon和Cellartis 試劑。紅榮微再以“傳遞科學(xué)價值,服務(wù)科學(xué)研究”為宗旨,主營干細胞、醫(yī)療、細胞治療、器官再生四大板塊的產(chǎn)品。

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