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Picoplex:植入前基因篩查診斷單細胞文庫構建技術

更新時間:2018-03-12瀏覽:3575次

微陣列(arrays)分析是zui廣泛使用的PGS技術。

PicoPLEX全基因組擴增技術已經(jīng)成為PGS的標準擴增技術。

 

植入前基因篩查和診斷(PGS,PGD)指體外受精(IVF)過程中所做的胚胎或卵母細胞測試,以便選擇沒有染色體變異或帶有家族遺傳疾病等位基因的胚胎,提高懷孕成功率,降低特定遺傳病的傳遞風險。微陣列分析是IVF機構zui常用的PGS技術,應用PicoPLEX技術的好幾種試劑盒被廣泛使用。包括Illumina’s 24Sure 微陣列(原 BlueGnomes 24Sure), Perkin Elmer’s KaryoLite BoBs developed for PGS和 Oxford Gene Technology’s CytoSure 微陣列。不過實驗室研究趨向是使用低深度的新一代測序(NGS)替代微陣列,PicoPLEX DNA-seq正好滿足這種需求。

 

植入前基因篩查診斷流程

首先從受精卵吸取一個極體或者從受精后第三天的5到10個胚胎細胞吸取單細胞。裂解細胞后,釋放出來的DNA進行擴增,所得產物標記后與含有目標基因組的微陣列雜交。分析軟件會識別出拷貝數(shù)變異。具有高穩(wěn)定性和可再現(xiàn)性,PicoPLEX全基因組擴增技術已經(jīng)成為PGS的標準擴增技術。這一技術也適用任何單細胞樣品和皮克級純化DNA的基因特征分析。

 

胚胎細胞(極體 卵裂 囊胚)——PicoPLEX試劑(裂解擴增DNA)——微陣列雜交——染色體變異分析

 

PicoPLEX技術

PicoPLEX使用非互補引物進行隨機引物延伸,所得文庫系統(tǒng)偏差高,而隨機偏差極低。

引物特點:隨機引物延伸和非互補引物

文庫特征:高系統(tǒng)偏差 低隨機偏差

* US patent 7,803,550 and EP1924704

 

PicoPLEX® WGA Kit

植入前基因篩查(PGS)PicoPLEX®單細胞擴增試劑盒

從單細胞中擴增DNA構建高重復性的文庫現(xiàn)在成為可能。PicoPLEX WGA kit采用技術,設計、優(yōu)化用于從單細胞中擴增單拷貝基因組DNA。起始量低至單細胞或6pg基因組DNA。便捷的單管操作流程減少失誤,節(jié)省時間并降低反應背景

PicoPLEX WGA Kit兼容微陣列比較基因組雜交(array CGH)分析及PCR平臺,試管嬰兒行業(yè)供應商如BlueGnome信賴并用于PGS/PGD。

 

 

操作流程

 

單管,三步。1PCR管或微孔中3個小時即可完成。無需樣品純化和轉移過程,降低了樣品損失,避免了操作污染和操作誤差。

 

單細胞擴增再現(xiàn)性良好

 

腫瘤細胞經(jīng)流式細胞分選,采用PicoPLEX WGA Kit 擴增。每個細胞(藍色曲線)擴增比率相同,并且預期產量相同。不含細胞的樣品(綠色曲線;空白模板對照)顯示非常低的背景。

適用CNV分析

 

CNV(拷貝數(shù)變異)分析卵裂球樣品采用PicoPLEX WGA Kit擴増標記后與BlueGnome®24sure® arrays雜交(Genesis Genetics Institute),結果清晰地顯示了拷貝數(shù)變異2011年ESHRE (歐洲人類生殖與胚胎學會)的臨床實驗證明了采用PicoPLEX 技術進行人類染色體核型分析的準確性。

 

PicoPLEX技術

技術優(yōu)勢:利用特殊隨機引物(Quasi-random primer)引發(fā)線性擴增進行全基因組擴增。

相比于以往的PCR、MDA、MALBC為基礎的單細胞全基因組擴增技術,操作簡單快速。擴增zui大優(yōu)勢:再現(xiàn)性良好。

 

PicoPLEX技術:單細胞在單管或單孔中裂解。在預擴增過程中,特殊隨機引物與基因組DNA結合延伸,形成發(fā)夾結構文庫,在接下來的擴增中,只有發(fā)夾結構的文庫被擴增。

(中文版:單細胞 細胞裂解 模版DNA 變性與回收模版 退火引物 引物延伸 變性與引物重連 延伸;莖環(huán)形文庫收集 擴增

*步:細胞裂解;第二步:預擴增 采用特殊隨機引物選擇性結合基因組DNA后進行擴增;第三步:擴增 使用含有illumina index的引物進行擴增)

 

應用

拷貝數(shù)變異分析-CNV(aCGH)

單核苷酸多態(tài)性分型-SNP

基因突變篩查-PCR

不能直接應用NGS,PicoPLEX DNA-seq Kit可以直接應用NGS。

 

擴展產品

PicoPLEX DNA-Seq (Picoseq) 技術在PicoPLEX WGA技術的基礎上發(fā)展,擴增部分與PicoPLEX類似,但是在擴增的第二步,會加入Illumina接頭和index(條形碼)。

 

訂購信息

 

貨號

產品名稱

包裝

RB3050/R30050

 PicoPLEX WGA Kit單細胞基因組擴增試劑盒,array CGH、PCR分析用

50次反應

RB3381/R300381

PicoPLEX DNA-seq Kit,48種雙端Illumina indexes

48次反應

 

 

 

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